과거 「액제전」이라고 불린 큰 전쟁이 있었다.
그 전쟁이 끝난지 약 300년.
 지구권은 그동안 있던 통치기구를 잃고, 새로운 지배체제를 만들어 새로운 세계를 구축했다.
잠깐의 평화를 찾은 한 편, 지구에서 멀리 떨어진 화성권에서는 새로운 전쟁의 불씨가 일고 있었다.
주인공 소년 미카즈키 오거스가 소속된 민간경비회사 「크리세 가드 시큐리티」(이하 : CGS)는 지구의 한 세력의 통치하에 있는 화성도시 크리세를 독립시키려는 소녀 「쿠델리아 아이나 번스테인」의 호위임무를 받는다.
하지만 반란의 싹을 짓밟으려는 무력조직 「걀라르호른」의 습격을 받은 CGS는 미카즈키와 아이들을 미끼로 사용해 철수한다.
소년들의 리더 「오르가 이츠카」는 이 사건을 계기로 자신들을 학대해 온 어른들에게 반기를 들고 쿠데타를 결심한다.
오르가에게 「걀라르호른」의 격퇴를 맡긴 미카즈키는 CGS의 동력로로 사용되던 「액제전」 시대의 모빌슈츠 「건담 바르바토스」를 사용해 싸운다.